ローマカトリック教会において、国際的に活躍した創立者田口枢機卿は、人間にとって「平和な社会、健全な体制、安定した秩序」を実現する最も肝要なことは「女性の深い教養」であるとされ、宗教的情操教育を施しながら円満な人格を育成し、人生の目的や意義を十分理解して、自らは『純潔と愛徳』を実践できる人になるよう教育することを建学の精神としました。この精神は、創立時から変わらず百合学院の「教育理念」として受け継がれています。

ラテン語では「Puritas et Charitas」(ピュリタス エト カリタス)で制服の胸に刺繍として刻まれています。「純潔」は物事への二心のないひたむきなまごころ、そしてそのまごころからあふれ出る他の人を配慮し思いやり奉仕する「愛徳」、これは周りの人々との関わりの中で生きる人として育ってほしいという創立者の思いが込められています。

幼稚園では、愛に包まれた温かい雰囲気の中で、園児一人ひとりが神さまから命を与えられたかけがえのない存在であることを知り、思いやりと感謝を育み、互いの良さを認め合い、自分らしさを安心して表現し、自主的に最後までやり遂げる力を養っていきます。
英語教育については、学院のネイティブの専任教員から学んでいきます。

小学校では、家族的な雰囲気の中で、ICT化やプログラミング教育の積極的な実践はもちろんのこと、英語教育はネイティブ教員を中心に6年間で実質900時間を超える英語に触れる環境の中、グローバル社会に対応するための基礎を育成していきます。

中学校では、生徒の個性を尊重しながら、基礎学力の充実を図り、「探究のタネ」をはじめとする独自のキャリア教育を通じて、「主体的・対話的で深い学び」につながる土台を固めていきます。英語教育では英会話授業において、オンラインを駆使し1対1の英会話レッスンと英語の多読（イギリスの小学校の教科書使用）で英語４技能を積み上げていきます。

高校では、2コース制となり、国公立大学への進学を視野に入れて学習する選抜特進コース、難関私立大学など私立大学への進学を視野に入れて学習する特進コースに分かれて学びます。2019年文部科学大臣表彰を受賞した先進的な本学院高校のキャリア教育の中で、選抜特進コースは「探究」、特進コースは「クエストエデュケーションプログラム」などを実践し、次世代の社会で必要とされる資質・能力の伸長を図ります。