百合学院では、幼稚園から高等学校まで、カトリックの教えをもとにした宗教行事を数多く執り行っています。

復活祭は典礼暦の中でももっとも大切な日とされています。イエス・キリストが十字架刑の三日後に復活したことを記念する日のことで、「イースター」ともよばれています。

毎年春に祝われる復活祭では「ゆで卵」をつくる習慣があり、その卵は「イースターエッグ」とよばれています。卵からヒナが生まれることが、イエス・キリストの復活をイメージさせてくれるとともに、冬があけ春になって「いのち」の輝きが甦る喜びをあらわしたものです。

小学校や中学校・高等学校では、「いのち」の象徴である「イースターエッグ」を神父様に祝福していただき全校の児童・生徒に配ります。いま私たち一人ひとりの心のなかで確かに生きておられるイエス・キリストとの出会い。それは私たちに「見えないものを信じる人は幸い」（コリントの信徒ヘの手紙二 4章 18節）という聖書のことばを学ぶよい機会となっています。

古くからカトリック教会では、５月を聖母マリア様に捧げた月としてお祝いしてきました。百合学院では、学院の創立記念日でもある5月1日に児童・生徒一人ひとりがマリア様のように、清らかで美しい心、そしてやさしく温かい心をもった女性へと成長していけるように祈りを捧げます。
幼稚園・小学校では、ゆりっこたちによる「花まき」が行われ、マリア様の像をきれいに彩ります。

中学校・高等学校では、聖母祭でマリア様に捧げた花を“特別養護老人ホーム園田苑”、“聖パウロ書院”そしてJR福知山線の脱線事故現場などに代表の生徒が持って行きます。
理想の女性である聖母マリアに倣う、ひいてはキリストに倣う生き方を知る機会として、幻想的で美しい行事となっています。